1881 yılında kurulan Azerbaycan Denizcilik Sınıfları, donanımlı deniz personeli yetiştirmek için eğitim vermekteydi. 1896’da mekanik dersinin Azerbaycan denizcilik okullarına eklenmesiyle birlikte birçok Azeri denizci bu okulda eğitim almaya başlamıştır. Azerbaycan’daki denizcilik akademilerinin temeli olarak görülen Bakü Uzak Seferler Okulu ise 1902’de eğitimine başlayarak, başarılı denizciler yetiştirmeye devam etmiştir
Haydar Aliyev’in talimatıyla 1996’da kurulan Bakü Devlet Deniz Akademisi kapsamlı uluslararası işbirliklerine imza atarak, Uluslararası Denizcilik Örgütü ve UNC üyelikleri sayesinde Azerbaycan Denizcilik Akademisi ismini dünyanın öncü deniz akademileri arasına yazdırmayı başarmıştır.
Üniversitenin YÖK denkliği bulunmaktadır.
